工事中に、玄関ドアや室内のドアを引き戸に変更しました。完了検査時に、指摘されるのでしょうか？

この場合は、「軽微な変更届」を提出する必要があります。
または、完了検査申請時に軽微な変更内容を添付でも構いません。

軽微な変更の範囲は定められています。（施行規則第3条2）
木造住宅で関係してくるものを挙げると、

・　道路の幅や、敷地と接する長さが大きくなる。
・　敷地面積が大きくなる。
・　建物の高さが低くなる。
・　建築面積、床面積が減る。
・　内部建具の変更。
・　間仕切り壁の軽微な変更。　等々

建ぺい率や容積率、高さ等が大きくならない（集団規定上安全側に動く）変更や、明らかに基準法上不都合のないものは、軽微な変更として取り扱われます。

逆に言うと、上記の反対になる変更は、計画変更確認申請となる場合があります。